Биологическая археология использует биологическую и археологическую информацию во взаимосвязи. Благодаря получению такой информации можно определить значение различных видов животных и растительных ресурсов в балансе питания, а также характер сезонных стоянок (Grayson, 1984). В ней можно выделить три подраздела: археоботанику, археозоологию и аграрную археологию.Археоботаника - отрасль науки на стыке археологии и ботаники, предмет которой составляет комплекс взаимосвязанных проблем, рассматриваемых под углом зрения отношений древних производственных коллективов с растительной частью экосистемы. Сюда относятся проблемы различий в исторически освоенных экосистемах; поддержания коллективом экологического равновесия; интродукции растений (включая доместикацию и появление растений-спутников); адаптации растительности в сферах материальной и духовной жизни в соответствии с традициями и инновациями; отражения этого в языке символов, в поэтическом словаре и в этнопсихологических особенностях восприятия мира (Чеснов, 1988).
Идейный арсенал археологической ботаники на современном этапе не может оставаться в стороне от целостного взгляда на палеоэкологию. Это уже отразилось в концепциях палеоботаников о вхождении человеческих обществ в экосистемы во все исторические периоды, включая эпохи собирательства и перехода к земледелию (Чеснов, 1988).
Археозоология - научная дисциплина, возникшая на стыке зоологии и археологии, изучающая своеобразие взаимоотношений отдельных групп древнего населения с миром животных. Археозоология. изучает и изменения фауны и ее географического распространения вследствие деятельности человека.